Anthropic‘in biyoloji araştırma ekibi, prokaryotik hücrelerdeki bir vault benzeri protein parçacığının ilk 3 boyutlu yapısını yakın zamanda açığa çıkardı. Bilmeyenler için “vault”lar, pek çok canlı organizmada bulunan büyük ve içi boş protein yapıları. Ancak onlarca yıllık araştırmaya rağmen bunların kesin amacı hâlâ bilinmiyor. Paylaşılan ayrıntılara göre Claude; ekibin daha önce gözden kaçan proteinleri tespit etmesine yardımcı oldu, bunları ayrıştırmak için daha hızlı bir yöntem geliştirdi ve gelişmiş görüntüleme kullanarak yapılarını haritalandırdı. Claude YZ kullanılarak vault parçacıkları üzerinde yapılan yeni keşifler hakkında bilmeniz gereken her şeyi öğrenmek için yazıyı takip edin.
Anthropic, Vault Benzeri Yapılar Keşfetti
Vault’ları 1986 yılında ilk kez keşfedenler, araştırmacılar Leonard Rome ve Nancy Kedersha oldu. Bunlar, basit cıvık mantarlardan insanlara kadar uzanan organizmalarda bulunan fıçı biçimli yapılar. Lakin, yıllar süren araştırmalardan sonra bile bu yapıların biyolojik rolü belirsizliğini koruyor.
Araştırmacılar bugüne kadar vault’ları ağırlıklı olarak karmaşık hücrelerde inceliyordu ancak Anthropic ekibi kısa süre önce bağlantılı proteinlerin bakterilerde, arkelerde ve bakteriyofajlarda (bakterileri enfekte eden virüsler) da var olduğunu saptadı. Araştırmacılar, bu daha basit biyolojik sistemleri inceleyerek vault’ların nasıl evrimleştiğini ve gerçekte ne işe yaradığını anlamayı umuyor.
Claude YZ, İlk Prokaryotik Vault Yapısının Haritalanmasına Yardım Ediyor
Ekip, yaklaşık 15 milyar tahminî proteini içeren bir veri tabanını taramak için Claude’u kullandı; 29 büyük bakteri grubunda ve dört arke grubunda vault bağlantılı proteinler tespit etti.
Araştırmacılar seçilen 44 proteini test etti ve bunlardan yedisi vault benzeri parçacıklar oluşturdu. Kriyoelektron mikroskobu kullanılarak dördünün beklenen şekle sahip olduğu doğrulandı.
Ekip, ayrıntılı inceleme için L05 adlı bir bakteriyofaj proteinini seçti. Proteinin oluşturduğu vault yapısı, aynı proteinin 96 kopyasından oluşuyor ve yaklaşık 54 nanometre uzunluğunda, 45 nanometre genişliğinde.
Claude ayrıca araştırmacıların ayrıştırma sürecini hızlandırmasına yardımcı oldu. Yaklaşık üç gün süren geleneksel bir yöntemin yerini, yaklaşık 90 dakika süren bir yaklaşım aldı.
Daha Büyük Vault’lar Yeni Olasılıkların Önünü Açabilir
Araştırmacılar, vault’ların nasıl bir araya geldiğini anlamak için L05 proteininde de değişiklikler yaptı. Yapıya iki ekstra tekrarlayan parça ekleyerek yaklaşık %20 daha fazla iç hacme sahip daha büyük parçacıklar üretti.
Ekip, söz konusu yapıların zamanla enzimleri ve diğer molekülleri iletmek için minik kaplar olarak görev yapabileceğine inanıyor. Yine de doğal işlevleri henüz bilinmiyor. Araştırmacılar ayrıca protein yapısının içinde koenzim A’ya benzeyen, tanımlanamamış bir molekül belirledi. Bu da bir başka olası ipucu sağlıyor.
Kaynak: https://www.digit.in/news/general/claude-ai-helps-scientists-uncover-40-year-old-mystery-surrounding-vault-like-proteins-check-details.html
